Le jeune lycéen Hodaka Morishima quitte son domicile sur une île isolée pour s'installer à Tokyo, mais il manque rapidement d'argent. Il vit dans l'isolement mais trouve finalement un travail en tant qu'écrivain pour un magazine occulte louche. Après que Hodaka commence à travailler, le temps reste pluvieux jour après jour. Un jour, dans un coin très fréquenté de la ville, il rencontre une jeune fille nommée Hina Amano. Hina et son jeune frère vivent ensemble mais mènent une vie joyeuse et stable. Cette fille enjouée et déterminée possède un pouvoir étrange et merveilleux : le pouvoir d'arrêter la pluie et de dégager le ciel.